一応描写としては保健室で凛とアーチャーがゴソゴソやってるのをザビ(主人公)が外から覗くというシーンがある(お決まりの魔力供給)

ただextraの凛は母親も生まれも年齢も経歴もstay nightの凛とは全く違う別人なので
stay nightの凛とstay nightのアーチャーが肉体関係を持ったという認識は誤りであると記載しとく