スレ主
いつもバラバラになってしまうルール（デザイン（について
ページが追加されたとき、要素が追加になったとき、改修が入ったときなど
見出しのレベル感やデザインのルールがごっちゃになってしまい、先行して作っていたページとつじつまが合わなくなり困ることがあります。
ルールを決めて作っていけば普通は問題ないのですが
お恥ずかしながら、適当にその場でのマイルールで作ってしまっていたり、ビジュアル先行で作ってしまっていたり
基本が守れていない作り方をし続けていました。
こういう作り方はしちゃいけないと思い直し、
デザインに入る前にテンプレを作るなど今更ながらやっているのですが
テンプレ通りにすると見た目的に微妙な部分が出てきたりということがあります。
デザインに入る前に、こういったルールややり方を決めているとかある方がいれば教えていただきたいです。（そんなの脳内整理でできるわ！でも何でもいいです）
ビジュアルを元に、コーディングを起こす作業をしているとしたら、そりゃ無理があるよ。それはコーダーの仕事じゃない。
情報設計が先にあり、それを元にそれぞれ、ビジュアルとコーディングするイメージ。特に何も分かってないデザイナーがつくったビジュアルを元にコーディングするほど、無益なものはないよ。
コーディングを覚えろ。タグと CSS を知っていれば絶対そんなアホな事はしない。
イレギュラーな調整は仕方ないと思います。どれだけ最初に要件定義してワイヤーを作ったとしても、コーディング後に「なんか違う」となることはザラにあります。
ルールについては、レイアウト（サイズ）、配色、マージン・パディングなどの基準を決めておくと良いでしょう。
主が言ってることだけ解決したいならアトミックデザインを取り入れるのがよさそう。